1、按工作流程劃分
　　標本取材室、脫水透明浸蠟與包埋室，切片室，染色室，特殊染色和免疫組化室（分子病理室）。

2、按氣流布局劃分
　　清潔區(qū)、半清潔區(qū)和污染區(qū)，污染和半污染區(qū)之間的緩沖區(qū)。

3、按功能作用劃分
　　（1）污染區(qū)：（生物因素與化學制劑污染）標本收取、巨檢和取材室，冰凍切片室；
　　（2）相對清潔區(qū)/緩沖區(qū)：（化學制劑污染）常規(guī)制片室，特殊染色和免疫組化室，分子實驗室；
　　（3）相對危險區(qū)：（防火區(qū)）有毒易燃物品儲藏室；
　　（4）清潔區(qū)：診斷室，檔案室，辦公室。

提醒
　　將各區(qū)分開，污染區(qū)和相對清潔區(qū)設計獨立的排風及排污系統(tǒng)；另設門禁系統(tǒng)，無關(guān)人員和無關(guān)物品不得進入污染區(qū)和相對清潔區(qū)。